Originaire de Santa Barbara, Eduardo Villa voulait d’abord être violoniste, mais il a été initié au chant classique grâce à son amour des comédies musicales.
Après des apparitions dans des émissions telles que Oliver !, West Side Story et Paint Your Wagon, Villa est allé étudier le chant à l’Université de Californie du Sud, où ses professeurs étaient Martial Singher, Horst Günter et Margaret Harshaw.
Après avoir remporté les auditions du Metropolitan Opera en 1982, Villa part pour la Suisse, où il occupe un contrat au Théâtre de l’Opéra de Bâleentre 1983 et 1987.
En 1986, il fait ses débuts à l’Opéra de Paris, où il chante le rôle de Don Carlo, et de 1987 à 1991, il se produit à l’Opéra d’État de Munich.
À partir de 1991, la carrière de Villa est devenue si fructueuse qu’il a refusé de prolonger son contrat à Munich et a plutôt travaillé au contrat dans des endroits tels que l’Opéra Hamilton au Canada, le Carnegie Hall, l’Opéra de Francfort, l’Opéra de l’Arizona et l’Opéra du Connecticut.