Si les œuvres pour piano ou pour orchestre de Liszt et leur place dans le XIXe siècle ont depuis longtemps été correctement évaluées, sa musique d’orgue, elle, ne semble avoir de réelle répercussion qu’auprès des organistes, et encore, peu d’entre eux ont-ils une connaissance approfondie de celle-ci et savent-ils en apprécier les lignes directrices ! On peut la diviser grosso modo en deux périodes : d’une part, les trois grandes pièces composées entre 1850 et 1863 (Fantaisie et fugue sur le choral « Ad nos, ad salutarem undam », Prélude et fugue sur B. A. C. H. et Variations sur « Weinen, Klagen, Sorgen, Zagen ») et, d’autre part, une série d’œuvres plus courtes dont la composition s’étend jusqu’à sa mort en 1886. On citera pour mémoire les transcriptions d’après Bach, Lassus, Wagner, Nicolai ou Chopin, et les œuvres vocales où l’orgue joue un rôle plus ou moins important (telle la Via Crucis, d’une densité remarquable).
Dans les trois grandes pièces, Liszt se montre conforme à l’idée caricaturale que l’on se fait de lui : grandiose, virtuose, spectaculaire, tourmenté et brillant. Composée en 1850, la Fantaisie et fugue sur le choral « Ad nos, ad salutarem undam », paraphrasant longuement le choral des trois anabaptistes du Prophète de Meyerbeer, est une fresque monothématique monumentale, en trois sections enchaînées. Par l’ampleur des moyens techniques nécessaires et par l’originalité et la longueur de la forme, le parallèle avec la Sonate en si mineur pour piano semble évident. Avec le Prélude et fugue sur B. A. C. H., de 1855, Liszt veut, comme Schumann, rendre hommage à Bach. Mais contrairement à lui, il ne s’attaque pas à ce projet avec les outils de Bach -le contrepoint, notamment- mais avec des fulgurances nouvelles, déjà expérimentées dans l’œuvre précédente, et que seul un pianiste accompli pouvait oser. Ne nous y trompons pas : si le titre mentionne une fugue, nous n’en trouvons réellement que l’exposition, vite submergée par les traits virtuoses. Enfin, en 1862, Liszt entreprend les Variations sur « Weinen, Klagen, Sorgen, Zagen », sur l’ostinato chromatique du premier chœur de la Cantate BWV 12 de Bach, par ailleurs fort proche du Crucifixus de la Messe en si. Comme dans le Prélude et fugue sur B. A. C. H., l’élément chromatique sert admirablement le langage de Liszt et lui permet ici de développer le contenu émotionnel attaché au texte (« Larmes, plaintes, soucis, craintes, angoisses et détresse sont le pain amer des chrétiens ») dans une forme alliant passacaille, variations, récitatif dramatique et, pour conclure, le choral Was Gott tut das ist wohlgetan. Le sens théologique de celui-ci (« Ce que Dieu fait est bien fait ») entre en résonance avec les interrogations du début de l’œuvre et annonce la sobriété des recueils à venir.